Historia SchapfenMühle w zakładzie w Jungingen rozpoczyna się w 1984 roku. Obecnie znajdują się tu, obok serca młyna mącznego i młyna łuszczącego, także wieża silosowa, magazyn wysokiego składowania, różne instalacje produkcyjne oraz przyjęcie zbóż z przylegającym laboratorium.
W 2005 roku dział sprzedaży dla piekarni został przeniesiony z Jungingen do Dornstadt i w drugim zakładzie został rozszerzony o własny dział techniki zastosowań oraz dział rozwoju. Zlokalizowane są tu również instalacja do puffingu i powlekania, instalacja do odpluskwiania ciśnieniowego CO₂, różne linie produkcyjne dla detalu spożywczego oraz magazyn wysokiego składowania.
Aby rozwinąć uprawę kontraktową oraz bezpośredni odbiór od producentów, SchapfenMühle w 2010 roku nabyła magazyn w Neenstetter Eisental. Dzięki pojemności magazynowej wynoszącej 25 000 ton w różnych boksach przechowywane są oddzielnie poszczególne gatunki zbóż: orkisz, jęczmień, owies i pszenica.
We wrześniu 2021 roku SchapfenMühle została rozszerzona o nowy zakład: Zakład 4 przy ul. Franzenhauserweg 24 w Ulm-Jungingen. Dzięki tej rozbudowie dostępne są dodatkowe ponad 1 000 m² powierzchni kompletacyjnej i funkcjonalnej oraz ponad 4 700 miejsc paletowych.
