Getreide ist nach der Ernte mit Erde, Stroh und kleinen Steinen verunreinigt. Deshalb muss es vor der Einlagerung gründlich gereinigt werden. Bei der Vorreinigung wird bspw. Stroh und eventuell enthaltene Metallteile aussortiert und entfernt. In mehreren Schritten wird das Getreide sorgfältig gereinigt. Der Separator siebt alles aus, was größer oder kleiner als ein gesundes Getreidekorn ist. Im Aspirateur werden leichtere Teile, wie Stroh oder Staub, mittels Luftstroms aussortiert. Der Steinausleser trennt Steine vom Getreide und entfernt diese. Der Trieur sortiert alle Bestandteile aus, die nicht die Form Getreide haben, z. B. andere Getreidearten oder Unkrautsamen. Zusätzlich wird ein Farbausleser eingesetzt, der mit Hilfe von Kameras verfärbte und unbrauchbare Körner erkennt und diese gezielt mit Druckluft entfernt. Die Scheuermaschine befreit das Getreide vom letzten Schmutz und Staub und entfernt äußere Teile der Schale. Nach diesen Reinigungsschritten ist das Getreide vorbereitet für die Vermahlung.  

Vor dem Mahlvorgang wird das Getreide nach Qualitäten sortiert in einer Mischzelle zusammengemischt. Für die Vermahlung ist der Walzenstuhl die wichtigste Maschine der Mehlmühle. In ihm wird das Getreide schonend zwischen zwei Stahlwalzen zerkleinert. Dabei werden die Körner aufgebrochen und der Mehlkörper von der Schale getrennt. Danach werden die Mehl- und Schalenteile mit Hilfe von Sieben voneinander getrennt. Dieser Vorgang wird mehrmals wiederholt, bis die gewünschte Mehltype erreicht ist. Danach werden in weiteren Vermahlungsschritten die letzten verbliebenen Mehlteilchen von der Schale gelöst und fein ausgemahlen. Bei jedem Mahlvorgang entstehen Kornteilchen in verschiedensten Größen.  
Unser Plansichter, ein Stapel mit mehr als 20 übereinander angeordneten Sieben unterschiedlicher Maschenweite, sortiert das Mahlgut. Die größeren bis mittelgroßen Kornteile, die auf den Sieben verbleiben, werden erneut im Walzenstuhl bearbeitet. Das Aufeinanderfolgen von Mahlen und Sieben nennt man Passage: Diese wiederholt sich so oft, bis der gewünschte Trennungsgrad von Schalen- und Mehlteilchen erreicht ist. Die unterschiedlichen Mahlerzeugnisse Schrot, Grieß, Dunst und Mehl werden in Silos nach Qualitäten eingelagert. Daneben fallen noch Flocken, Kleie und Keimlinge als weitere Mühlenprodukte an.

Alle fertig produzierten Mühlenerzeugnisse – Schrot, Grieß, Dunst, Mehl, Flocken oder Kleie – werden, sortiert nach Qualitäten, zunächst in Silos eingelagert. Vor der Abfüllung erfolgt eine weitere, sorgfältige Kontrolle der Getreideprodukte. Mehle, Flocken und Backmischungen werden für den Lebensmitteleinzelhandel in Papier- und Folienbeutel oder Faltschachteln mit individuellen Grammaturen abgefüllt. Pro Tag werden von uns rund 100.000 Päckchen für die privaten Haushalte abgepackt. Für die Belieferung der Bäckereien, des Großhandels und der Lebensmittelindustrie werden die Getreideerzeugnisse in Säcken oder BigBags mit einem Gewicht von 10 bis 750 kg oder aber lose im Silofahrzeug transportiert. Das Backgewerbe stellt daraus hunderte Sorten an Brot, Brötchen oder Feingebäcken her. In der Lebensmittelindustrie werden die Getreideerzeugnisse zu Produkten wie Müsli, Knäckebrot oder Süßwaren verarbeitet. 

Wir überwachen die Qualität des Getreides während des gesamten Verarbeitungsprozesses. Bereits bei der Anlieferung wird das Getreide auf Sauberkeit und Produktsicherheit untersucht. Die erforderlichen Qualitätsprüfungen und Untersuchungen der Getreideeigenschaften finden in unserem Labor statt. Auf Reinheit wird das Getreide in einer Besatzanalyse geprüft. Dafür werden alle Bestandteile der Probe, die nicht zum einwandfreien Getreide gehören, aussortiert und gewogen. Je geringer der Besatz an Fremdgetreide, Stroh oder Bruchkörnern ist, umso besser erfüllt der Rohstoff die Qualitätskriterien wie Lagerfähigkeit und Hygiene. Außerdem werden Proteingehalt, Kornhärte, Sedimentationswert und Feuchtigkeit gemessen und wir führen eine visuelle und sensorische Kontrolle der Getreidekörner durch. Zusätzlich werden in unserem Labor weitere Untersuchungen durchgeführt, um beispielsweise die gewünschten Backeigenschaften der Mehle zu gewährleisten. In unserer Anwendungstechnik werden Teig-, Knet- und Backverhalten der Mehle praktisch getestet. So kann geprüft werden, ob die Mehle beim Backen tatsächlich die geforderten Eigenschaften haben, wie zum Beispiel die richtige Teigelastizität. Die sorgfältige Reinigung des Getreides ist grundlegend für alle folgenden Prozesse der Verarbeitung. Unterstützend hierfür wird ein Hightechgerät, unser Farbausleser Sortex, eingesetzt. Alle Prozesse in unserer Mühle werden von einem Leitstand zentral gesteuert und überwacht. Die Lagerung der Getreidekörner und Getreideerzeugnisse erfolgt unter konstanten Lagerbedingungen. Eine genau dosierte Belüftung sowie die Überwachung von Temperatur und Feuchtigkeit erhalten die hohe Qualität des Getreides bei der Lagerung.

Nachhaltigkeit bedeutet für uns selbstverständlich auch den schonenden Umgang mit Ressourcen. Zur Stromerzeugung setzen wir unter anderem auf die Nutzung von Photovoltaikenergie auf der Südseite des Mühlenturms. Zusätzlich sorgt unser modernes Energiemanagementsystem für einen energieeffizienten Ressourceneinsatz.  
Der Lieferweg des Getreides, von den Feldern der Vertagslandwirte in die Mühle, ist durch die kurzen Transportwege geprägt: Die SchapfenMühle arbeitet mit über 600 Landwirten zusammen und akzeptiert nur Getreide von nachhaltig und wertebewusst arbeitenden Lieferanten. Anbauverträge mit Lieferanten aus der Region garantieren uns ein hohes Maß an Sicherheit und Qualität. Nahezu alle Getreidebestandteile werden bei der Produktion verwendet. Bei der Vermahlung entstehen verschiedene Mahlerzeugnisse. Etwa 80 Prozent der hergestellten Produkte sind u. a. Mehl, Flocken, Schrot, Grieß, Dunst oder Speisekleie. Die restlichen ca. 20 Prozent sind Futterkleie, Futter- oder Nachmehle und werden als Futtermittel eingesetzt. Lediglich ca. 0,5 % des bei uns angelieferten Getreides werden als Abfälle entsorgt. Dabei handelt es sich um beispielsweise Steinchen oder andere Verunreinigungen, die im gedroschenen Getreide enthalten sind. Wie wichtig uns Nachhaltigkeit und Artenerhaltung sind, zeigt unsere Blühwieseninitiative. Durch das Anpflanzen von mindestens 100 m² Blühwiese pro Hektar Weizen, unterstützen unsere Vertragslandwirte eine Initiative gegen das Aussterben der Bienen und leisten so einen Beitrag zum Artenerhalt.