Die Geschichte der SchapfenMühle am Standort Jungingen startet 1984. Mittlerweile befinden sich hier neben den Herzstücken der Mehl- und Schälmühle außerdem noch der Siloturm, ein Hochregallager, diverse Produktionsanlagen und die Getreideannahme mit angeschlossenem Labor.
2005 zieht der Vertriebsbereich Bäckergeschäft von Jungingen nach Dornstadt um und wird am zweiten Standort durch eine eigene Anwendungstechnik und Entwicklungsabteilung erweitert. Ebenfalls angesiedelt sind die Puffing- und Coatinganlage, die CO2-Druckentwesungsanlage, diverse Produktionsanlagen für den LEH und ein Hochregallager.
Um den Vertragsanbau und die Direkterfassung vom Erzeuger auszubauen erwarb die SchapfenMühle im Jahr 2010 das Lagerhaus im Neenstetter Eisental. Mit einer Lagerkapazität von 25.000 Tonnen werden in verschiedenen Boxen die Getreidearten Dinkel, Gerste, Hafer, und Weizen sortenrein gelagert.
Im September 2021 wurde die SchapfenMühle um einen Standort erweitert: Das Werk 4 im Franzenhauserweg 24 in Ulm-Jungingen. Durch diese Erweiterung stehen weitere über 1.000 m² Kommissionier- und Funktionsfläche und über 4.700 Palettenplätze zur Verfügung.
